En los 4 años siguientes la universidad creó nuevas facultades. En 1946 se crea la Facultad de Química Industrial, la primera facultad con vocación científica, en el siguiente año 1947 se establecen las Facultades de Arquitectura y de Ingeniería Eléctrica. En 1948 se cierra la Escuela de Enfermería y en 1949 la Facultad de Ingeniería Química reemplaza a la de Química Industrial.
En 1950 la universidad tuvo un receso en su crecimiento y entró en su primera crisis, causada por cambios en las políticas del gobierno de turno. El nuevo rector Carlos Arturo Cabal sorteó la difícil situación favorablemente. De gran importancia para la región fue la creación de la Facultad de Medicina, la cual fue creada en 1950 y empezó labores en 1951, lo cual impulsó que se reabriera la Escuela de Enfermería en 1952. Desde que empezó a funcionar, la Facultad de Medicina tuvo el apoyo de la Fundación Rockefeller.
La universidad continuaba con su proceso de transformación y crecimiento. La Facultad de Ingeniería Eléctrica se transforma en Facultad de Ingeniería Electromecánica en 1953. El crecimiento de la universidad demandaba la construcción de instalaciones para su pleno funcionamiento, pues el claustro de Santa Librada empezaba a ser insuficiente. En 1954 se empieza la construcción de los edificios de la Sede de San Fernando, que albergarían las Facultades de Medicina y Arquitectura y la Escuela de Enfermería. Este mismo año la Universidad Industrial del Valle cambia su nombre a Universidad del Valle, y se crean los Consejos Académico y Administrativo.
